Kraniosinostozun tedavisi cerrahidir. Hastalığın türüne göre çocuk ilk 3 ay (sagital sinostoz olguları) ve ilk 6 ay (diğer sinostozlar) içinde veya 6-9 ay arasında (genetik olgular) ameliyat edilmesi gerekir. Ameliyatla yüksek olan kafa içi basınç düşürülür ve beyne büyümesi için yer açılır. Erken kapanan sütur açılır, kafatası yeniden şekillendirilir. Böylece olası beyin hasarlarının önüne geçilebilir. Nörolojik ve bilişsel kapasite kayıplar engellenir ya da kayıp minimum ölçüde tutulur. Ayrıca ameliyat sonrası kişiye özel üretilen bir kask da kullanılması gerekebilir.