Epilepsinin tedavisinde iki seçeneğimiz mevcut: ilaç ve cerrahi. İlk uygulanacak yöntem ilaç tedavisidir. EEG görüntülemesi sonrası epilepsinin türüne göre uygun ilaç seçilir. Tedaviye başlanır. İlaç tedavisi ile bir sonuç elde edilemiyorsa cerrahi yöntem değerlendirilir. Cerrahiye geçmeden önce farklı epileptik ilaçlarla 2 yıl boyunca tedavi devam eder. Çocuk hastalarda bu süre biraz daha kısa olabilir. Genellikle, epilepsi cerrahisine gerek duyulan hastaların MR görüntülemesinde bir anomali mevcuttur. Bu tür hastalara uygulanabilen ameliyatlar şöyledir:

• Fokal rezeksiyon: Epileptik bölgenin çıkarılması
• Korpus kallozotomi: Beynin iki yarısı arasındaki bağlantının kesilmesi
• Hemisferotomi: Beynin tek yarısı hasarlıysa bu bölgenin diğer yarı ile bağlantısının kesilmesi
• Vagal sinir stimülatörü